Ekolojik hayvancılıkta hayvan beslemede ekolojik olarak üretilmiş yemler kullanılır, bitkisel yemler tercihen işletmede üretilir. Ekolojik hayvancılıkta genetik yapısı değiştirilmiş (GMO) yemler ve kimyasal işlem görmüş yemler kullanılamaz. Otobur hayvanların beslenme paylarına, hayvansal yağ ve hayvansal yan ürünler katılamaz. Hayvanlarda büyümeyi hızlandırmak, yemden yararlanmayı arttırmak amacıyla hormon ve antibiyotik benzeri maddelerin kullanımı yasaktır. Kanatlılarda yumurtayı ve yumurta sarısını arttırıcı ya da kaliteyi düzenleyici sentetik maddeler ile doğal olmayan yöntemler kullanılamaz.